Les agents du NCIS de Washington, Hawaï et Los Angeles sont réunis pour célébrer le départ à la retraite de leur ancien instructeur, le bien-aimé professeur Dale Harding. Lorsque ce dernier est retrouvé mort à son domicile et que les premières analyses concluent à un suicide, les trois équipes vont enquêter conjointement pour en découvrir les raisons. Une enquête qui va se révéler périlleuse et non dénuée de rebondissements en tout genre.