Un cryptographe travaillant au Pentagone est retrouvé mort. L'équipe du NCIS est amenée à enquêter afin de découvrir si la victime était une taupe et si elle s'est réellement suicidée, comme semblent le prouver les premiers indices. Tony et Ziva découvrent que le cryptographe n'était pas seul au moment de sa mort. L'hypothèse du suicide est aussitôt rejetée au profit de celle d'un assassinat. En analysant la scène du crime et en interrogeant les proches de la victime, les enquêteurs espèrent comprendre comment l'homme est mort et pourquoi il a été assassiné. Les mobiles du crime se dégagent peu à peu...