L'équipe du NCIS est amenée à enquêter sur le meurtre d'un commandant du contre-espionnage, Thomas Jennings, dont le corps a été retrouvé totalement éventré. Dans un premier temps, l'analyse des documents contenus dans son ordinateur et des messages cryptés de sa messagerie laisse penser que ce gradé était un traître. Mais les propos recueillis auprès de sa fille, Rebecca, orientent les enquêteurs du côté d'une vie privée tumultueuse...