Harper Dearing a dissimulé et fait exploser une bombe dans les locaux du quartier général du NCIS. Les dégâts sont considérables. Une grande partie du bâtiment est détruite, comme peuvent le constater les membres atterrés de l'équipe de Gibbs. Abby, Gibbs et Vance, sains et saufs, partent à la recherche de leurs partenaires. Malgré cette catastrophe, il leur faut toutefois poursuivre leur traque. Pour se lancer efficacement aux trousses de Dearing, Gibbs sollicite l'aide de l'agent Fornell, membre du FBI. Ducky, quant à lui, se remet très difficilement de la crise cardiaque dont il a été victime lorsqu'il a appris la nouvelle de l'explosion. Pourtant, il n'entend pas rester sur la touche...