Un hélicoptère des Marines est retrouvé, sans son équipage, dans un champ marqué de plusieurs cercles, phénomène souvent associé aux extraterrestres. Tandis qu'Abby est chargée des analyses biologiques, le NCIS retrouve le copilote chez lui et apprend que le pilote de l'appareil était parti seul, après avoir reçu un coup de téléphone provenant d'une station-service. Le propriétaire de cette station se montre particulièrement évasif et peu coopératif avec l'équipe du NCIS. C'est alors qu'un cadavre est découvert dans une cabane incendiée. Son ADN correspond à celui du pilote disparu...