Le NCIS est appelé sur une route de campagne en Virginie pour enquêter sur l'assassinat de deux lieutenants en permission, dont on a retrouvé les corps, les deux mains sectionnées. L'équipe constate que leurs empreintes digitales sont nécessaires pour pénétrer sur leur lieu de travail, un terrain d'essai pour des armes militaires classées secret défense. Mais, avant tout examen préalable, la voiture des victimes explose devant l'équipe. Quelqu'un semble viser précisément le NCIS. C'est alors qu'Ari Haswari, agent double du Mossad, réapparaît...