Un incendie éclate dans un entrepôt et les pompiers peinent à maîtriser les flammes. Lorsqu'ils y parviennent enfin, ils découvrent un corps et un dossier de la Navy marqué top-secret. Le NCIS est appelé sur place en même temps qu'un inspecteur de police de Baltimore, Jason King. DiNozzo, qui le connaît, semble ne pas l'apprécier. Les enquêteurs apprennent que l'entrepôt appartenait à Equinox, une société spécialisée dans l'électronique qui travaillait sur des systèmes d'armement pour le compte de la Marine américaine. Duckie examine le corps carbonisé et en déduit que l'incendie a été déclenché non loin de la victime. C'est alors qu'un nouvel incendie éclate à bord d'un navire...