La main d'un Navy Seal est retrouvé dérivant dans une rivière paraguayenne. L'officier était soi-disant parti pêcher au Canada avec un collègue, Charlie Hudson, qui est également porté disparu. Christopher Clayton, un proche des deux soldats, avoue au NCIS qu'ils avaient effectué par le passé une mission secrète au Paraguay pour le compte du gouvernement américain. Gibbs, McGee et Torres se rendent alors sur place, dans une région reculée, contrôlée par un groupe de rebelles violents...