Le corps sans vie d'une jeune femme a été retrouvé au bord d'une rivière, dans les proches environs de Quantico, le siège du FBI. Tous les indices prélevés sur le lieu du crime mènent invariablement à Tony, qui est soupçonné du meurtre. Bien que ses collègues du NCIS soient persuadés de sa totale innocence, l'enquête est confiée au FBI. Gibbs penche clairement pour la thèse de la vengeance soigneusement préparée. Tandis que Tony, au vu des preuves qui l'accablent, est placé sous les verrous, Gibbs et son équipe épluchent les dossiers des anciennes affaires qu'il a traitées, à la recherche d'un responsable potentiel...