L'équipe du NCIS mène l'enquête après qu'un navire de l'armée a pris feu. Le bateau servait de centre de détention secret pour des terroristes capturés et interrogés dans des circonstances spéciales. Les enquêteurs doivent déterminer s'il s'agit d'un accident, ou d'un incendie volontaire pour créer une diversion lors d'une évasion. Dans le même temps, Gibbs apprend que son père vient de décéder. Il se rend alors dans sa ville natale pour assister aux funérailles...