Delilah, la petite amie de McGee, tombe par hasard sur une information capitale à propos d'une affaire très controversée. Le département de la Défense refuse d'expliquer pourquoi des e-mails du cryptologue Kit Jones, qui, selon leurs informations, s'est fait assassiner, sont passés sous silence. Delilah contacte donc Tony, dans la plus grande illégalité. Celui-ci informe Gibbs, qui se charge, avec son équipe, de creuser cette mystérieuse affaire. Mais ils se retrouvent vite en difficulté, tout comme un de leurs contacts à la CIA. Dans le même temps, McGee demande des conseils à DiNozzo, au sujet de sa relation avec la jeune femme...