Une explosion sur un parcours de golf provoque la mort du colonel des marines Frederick Cooper. Le NCIS prend l'affaire en main et collabore avec l'Unité d'enquêtes criminelles de l'armée. Grâce à une information fournie par la CIA, le NCIS se rend dans un entrepôt et découvre que le site était piégé pour exploser. McGee utilise ses talents d'informaticien pour pister l'informateur de la CIA et localiser la cellule terroriste. L'équipe apprend que Josh, le fils du colonel Cooper, a décidé de s'engager pour venger la mort de son père. Tony, qui travaille sous couverture, multiplie les rencontres...