Poursuivant Sasuke qui a déserté Konoha, nos élèves sont pris en chasse à leur tour et attaqués par les membres de la Racine, une organisation clandestine de l'Anbu. Ils vont devoir s'arrêter un à un pour les affronter, afin de ne pas se faire semer par Sasuke, qui est lui bien décidé à vendre son âme à Orochimaru...