C'est le temps de la paix à Konoha et tout semble aller pour le mieux dans le monde Shinobi. Kakashi, nommé 6e Hokage, veille au grain, tandis que Naruto se prépare à l'exercice du pouvoir. Seul Shikamaru semble très préoccupé par une mystérieuse enquête portant sur des disparus...