L'histoire se passe dix ans auparavant, lors de la 3e grande guerre du monde ninja. Kakashi est un jeune homme tout juste promu jonin qui fait équipe avec ses compagnons Lin et Obito sous les ordres de Minato Namikaze, futur 4e Hokage. Du fait du manque d'effectif, Kakashi est contraint d'emmener ses compagnons sur une mission difficile...