Assoiffé de vengeance, Pain, l'ancien disciple de Jiraya devenu leader d'Akatsuki, lance l'assaut sur Konoha qu'il est bien décidé à anéantir, non sans avoir infligé les pires souffrances à ses villageois. Naruto pourra-t-il le contrer grâce au seul Senjutsu ?