Accusé d'avoir tué trois agents du FBI, Booth se retrouve en prison, où il est confronté à ses nombreux ennemis. Bones parvient à le faire sortir trois mois plus tard, après avoir exercé un chantage sur le procureur. Libéré, Booth est bien déterminé à se venger, à reprendre l'enquête et enfin connaître le fin mot de cette histoire. En secret du FBI, l'institut Jefferson décide d'exhumer le corps d'un homme qui a joué un rôle prépondérant dans l'affaire. Sa mort est de toute évidence liée au fait qu'il allait tout dévoiler sur la conspiration au sein du FBI. L'équipe veut prouver qu'il a été assassiné...