Le corps d'un programmeur est enlevé, sous les yeux du médecin légiste Rose Schwartz, alors qu'elle venait de découvrir sur lui un marqueur biologique d'un projet top secret de la Navy. À la suite de ce vol, le NCIS de Los Angeles enquête sur le piratage de ce nouveau système de repérage expérimenté par les forces spéciales. Pendant ce temps, Hetty défie l'agent Callen devant un mur d'escalade.