Une fusillade a éclaté dans les bureaux d'une entreprise de comptabilité liée au département de la Défense et en charge du financement des opérations secrètes, dont celles du NCIS. Callen et Sam partent immédiatement en mission à Tijuana, à la recherche de Milton Mulrooney, l'unique rescapé. Il s'agit d'un employé qui a réussi à prendre la fuite. Restés à Los Angeles, les autres membres de l'équipe tentent d'en savoir davantage sur le mobile de la catastrophe. Au cours de leur enquête, les policiers découvrent que Milton Mulrooney avait signalé un détournement de fonds de grande ampleur...