Trois agents du FBI sont tués lors de l'explosion de leur véhicule. Ils venaient d'achever une mission au cours de laquelle ils ont piégé un aspirant terroriste en lui proposant du plastic. C'est cet explosif qui est à l'origine de leur mort. Le NCIS est chargé de l'enquête, car la destruction du véhicule n'est pas le résultat d'un accident mais bien un acte délibéré. Les agents découvrent que d'autres bombes sont en circulation dans la ville. Parallèlement, Hetty découvre la relation entre Deeks et Kensi. Elle les sépare en forçant Kensi à faire équipe avec Sam et en donnant à Deeks Callen comme adjoint...