Le NCIS est sérieusement fragilisé lorsque le FBI annonce avoir arrêté Gavin Knowles, un terroriste, ancien Marine, dont le véhicule contenant des produits chimiques a explosé après un accident de la route. Si les agents du bureau fédéral se montrent très peu coopératifs, l'équipe de Callen peut heureusement compter sur l'aide précieuse du psychologue Nate Getz pour tenter de cerner la mentalité du terroriste. Malgré l'arrestation du marine, un groupuscule revendique l'explosion et affirme que d'autres bombes vont très prochainement éclater en ville. Bientôt, un autre engin est découvert...