L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage. Le démon renard à neuf queues scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre Kyûbi et Naruto. Pourtant, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas.