Fox Mulder et Dana Scully sont contactés par Tad O'Malley, l'animateur d'une émission populaire sur Internet qui s'intéresse aux conspirations et aux complots. O'Malley pense avoir découvert l'existence d'une conspiration gouvernementale. Avec l'aide de Walter Skinner, directeur adjoint du FBI, O'Malley souhaite obtenir l'aide des deux anciens agents du département X-Files, Mulder et Scully, qui ont coupé les ponts avec le Bureau. Le duo va alors faire la connaissance de Sveta, une jeune femme qui pourrait bien avoir été enlevée par les Aliens. Cette dernière va leur faire des révélations qui vont ébranler toutes les certitudes de Mulder...