Une épidémie fait de nombreuses victimes dans une prison de haute sécurité de Virginie. Très vite, le gouvernement fédéral place l'établissement pénitentiaire en quarantaine. L'agent Scully est alors envoyée sur place par le FBI afin de déterminer l'origine de ce mal. Elle constate très vite de surprenantes analogies avec la peste. Mais deux détenus parviennent à s'évader. L'agent Mulder se lance sur les traces de deux fuyards, porteurs du virus mortel...