La police tente d'appréhender un suspect. Ce dernier, blessé, plonge dans une baie, parvenant ainsi à s'enfuir. Il laisse derrière lui quelques gouttes de son sang, de couleur verte, qui intriguent fortement Mulder et Scully. Ceux-ci sont bientôt amenés à se renseigner sur un étrange trafic d'ADN extraterrestre effectué par le gouvernement. Les révélations de Gorge profonde se révèlent exactes et Mulder est bientôt enlevé par de mystérieux ravisseurs. Gorge profonde, de son côté, voit sa vie menacée pour avoir fourni des renseignements confidentiels...