Scully est admise à l'hôpital dans le coma. Son activité cérébrale est élevée. Quand elle se réveille, elle dit à Mulder que l'homme à la cigarette se cache derrière un projet insensé : répandre une épidémie infectieuse dans le monde entier. Elle lui demande de se mettre sur sa piste. Pendant ce temps, le mystérieux fumeur et Monica Reyes discutent à propos du fils de Scully et Mulder, William. Il semblerait que cet enfant soit une des clés de leur sombre projet...