William, le fils de Scully, est enlevé. Celle-ci mène sa propre enquête sur le kidnapping, n'accordant aucune confiance à Skinner et Follmer. En revanche, l'agent Reyes et les Lone Gunmen lui apportent leur aide précieuse. Doggett, grièvement blessé à la tête, tombe dans le coma. Reyes lui rend très souvent visite à l'hôpital. Alors que Skinner vient également s'enquérir de sa santé, Reyes reçoit un appel de Scully qui veut la rencontrer. Pendant ce temps, dans les quartiers du FBI, Brad Follmer informe ses agents que Robert Comer, qui avait été abattu par Scully, se trouve dans un état critique...