Mulder a disparu avec la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense. Scully part aussitôt à sa recherche. Lorsqu'elle découvre qu'on lui a implanté une puce électronique dans le cou, elle envisage de démissionner du FBI. Mulder est retrouvé dans le désert du Nouveau Mexique par un groupe d'Indiens navajos qui pratiquent sur lui un long rituel de guérison et lui font reprendre conscience...