Scully assiste les agents Doggett et Reyes dans l'enquête sur la contamination de l'eau. Leur piste les mène vers un étrange laboratoire clandestin caché dans un navire de la marine marchande, construit pendant la Seconde Guerre mondiale. Pendant ce temps, Scully se pose toujours des questions sur les relations entre son bébé et un complot du gouvernement. Doggett entretient des liens très particuliers avec Shannon. Celle-ci lui apprend qu'elle n'est pas un être humain comme les autres, mais le résultat d'un demi-siècle de recherches secrètes. Non seulement elle n'éprouve jamais le besoin de dormir, mais elle peut aussi respirer sous l'eau...