Le bureau des affaires non classées du FBI a été fermé. Scully est désormais instructrice à Quantico, l'académie du FBI, tandis que Mulder a été réaffecté à des tâches subalternes. Alors qu'il est chargé d'une banale affaire d'écoute téléphonique, il est contacté par le sénateur Matheson, un ancien responsable du programme, qui fut l'un de ses plus ardents défenseurs. Le politicien lui fournit une nouvelle piste. A Porto Rico, l'observatoire désaffecté d'Arecibo aurait été le théâtre d'une rencontre du troisième type. Mulder se rend sur place clandestinement, au mépris des ordres directs de sa hiérarchie...