A l'approche du nouveau millénaire, Mulder et Scully enquêtent sur un meurtre et pistent un certain Frank Black, qu'ils soupçonnent de détenir des renseignements essentiels pour leurs investigations. A force de fouiller, les deux agents du FBI parviennent à établir un lien entre ce suspect et l'organisation Millennium. Celle-ci réunit un grand nombre de personnalités, connues et moins connues, et prépare un passage auquel Mulder voudrait bien assister. Scully n'est pas forcément du même avis. Pour l'heure, ils doivent impérativement mettre la main au collet de Black s'ils veulent en savoir plus...