Pour éviter une contamination orchestrée via un pathogène extraterrestre, les agents Mulder et Scully se lancent dans une course contre la montre pour retrouver leur fils. En cavale, William est perturbé par la violence de ses pouvoirs. Mais le jeune homme est également traqué par l'homme à la cigarette, qui semble ne pas avoir dit son dernier mot et finalise les préparatifs...