Sydney Bristow se retrouve coincée dans un navire. Elle doit trouver un moyen pour s'échapper au plus vite, mais la jeune femme, enceinte, a toutes les difficultés du monde à s'enfuir. Sydney comprend qu'elle ne peut parvenir seule à quitter cet endroit. Il ne lui reste qu'une solution : envoyer un message de détresse à l'APO, afin que quelqu'un lui vienne en aide. Mais le signal, corrompu, n'arrive pas à destination. Jack, de son côté, est alors convaincu qu'il s'agit d'une conspiration de Prophet 5...