L'APO est maintenant en fonction. Sydney et le reste des membres de l'équipe doivent apprendre à retravailler ensemble en oubliant le passé. Les choses s'arrangent entre Jack et sa fille et l'organisation remporte sa première victoire contre un samourai des temps modernes. La réconciliation entre Sydney et Vaughn, malgré la disparition de Lauren, n'est pas encore à l'ordre du jour. Nadia, la demi-soeur de Sydney, est peu disposée a réintégrer le milieu de l'espionnage, surtout depuis qu'elle a appris la vérité sur son père biologique...