Le SD-6 est pris en otage par une bande menée par Cole McKenas, un agent mercenaire qui fait partie d'une nouvelle organisation. Cette étrange confrérie est dirigée par un personnage de l'ombre qui se fait appeler «le monsieur». Sydney se retrouve soudain dans une bien mauvaise posture. Cachée dans les conduits d'aération, elle est impuissante devant l'avancée de Cole McKenas qui, régulièrement, tire une rafale de pistolet-mitrailleur dans le plafond. Mais alors que la jeune femme se prépare déjà à être transpercée, Jack apparaît et se rend. Plus tard, Sydney découvre une lettre laissée par son père...