Sydney traverse une mauvaise passe. Elle se remet mal de la mort de Noah. Vaughn la réconforte en lui montrant tout le travail qu'elle a effectué jusque-là et cette intervention lui redonne de l'énergie. Grâce à l'aide de Vaughn, Sydney se lance dans une négociation secrète avec monsieur Sark, un membre du réseau Rambaldi. Elle pense enfin pouvoir attraper Khasinau. Mais un agent du SD-6 est envoyé pour empêcher la transaction. Pendant ce temps, le mystérieux «Gorge profonde» continue d'être en contact avec Will. Il l'incite fortement à poursuivre son enquête et au cours de la conversation, lui parle de Jack...