Sydney, toujours entre les mains de Lindsey, n'a pas parlé. Elle n'a livré sous la torture que de fausses informations à la CIA. Pendant ce temps, Jack a réuni une équipe pour la faire évader ; l'opération est une franche réussite. Désormais en fuite, Sydney part avec son père sur le lieu désigné grâce au décodage des coordonnées. Ils y découvrent une main humaine frappée du signe de Rambaldi. Pendant ce temps, Dixon est arrêté devant ses enfants par le FBI, pour obstruction à une enquête fédérale. Une autre piste pourrait permettre à Sydney de recouvrer la mémoire grâce à une psychothérapie développée par le docteur Brezzel...