Sydney quitte la CIA et rejoint une unité secrète appelée APO avec Dixon, Jack, Vaughn et Sloane. Là, ils découvrent rapidement que leur nouveau chef n'est autre que la directrice de la CIA, Hayden Chase. Malgré la disparition de Lauren, les relations entre Sydney et Vaughn restent particulièrement tendues. De plus, la jeune femme met au jour un incroyable secret concernant le passé de son père. Cette vérité met en danger ses rapports avec Jack. De son côté, Nadia, la demi-soeur de Sydney, n'est guère disposée à réintégrer le milieu de l'espionnage. Des révélations au sujet d'Arvin Sloane, son père biologique, l'ont en effet déstabilisée...