Sydney reprend du service et se voit bien vite confier de nouvelles missions. Elle est envoyée à Mexico pour tenter de retrouver Sark et Oransky. Les deux hommes ont disparu après l'échec de la rencontre qui visait à les échanger l'un contre l'autre. Peu à peu, la mémoire de Sydney semble revenir. Une chose est sûre : elle est toujours amoureuse de Vaughn. Celui-ci lui confie qu'il était tellement désespéré par sa disparition qu'il a failli mettre fin à ses jours. De son côté, Jack soupçonne Sloane d'être lié à la disparition de Sydney et pense que les informations qu'il donne pour démanteler les cellules terroristes ne sont qu'une façade...