Le FBI recherche CJ, une fillette de 3 ans, kidnappée par une femme prénommée Anne, et dont le père, Trey Bramon, un brillant ingénieur, travaille pour un puissant laboratoire pharmaceutique. Voyant son enquête sans cesse entravée par les services de protection privée de la firme, l'équipe de Don soupçonne que cet enfant pourrait être un des premiers clones humains. Par ailleurs, Charlie et Amita évoquent le futur et la possibilité d'avoir des enfants...