Un hélicoptère de la marine américaine s'est écrasé en pleine mer. Son équipage est localisé, plusieurs jours après le crash, sur un canot de sauvetage. Le corps du pilote, Oliver Happ, absent de l'embarcation, est repêché. Le militaire a été abattu d'une balle dans la tête. Il laisse derrière lui une femme et un enfant handicapé. Le NCIS travaille en coopération avec Abigail Borin, membre des gardes-côtes, pour tenter de comprendre ce qui c'est passé. Avec l'aide de Shamus Quinn, un pêcheur local, l'enquête progresse peu à peu. Les agents découvrent que les rescapés cachent tous quelques secrets...