L'U.S. Navy teste un nouveau missile, mais l'essai tourne mal. L'arme est piratée et utilisée pour détruire un bateau civil. L'équipe du NCIS est aussitôt chargée de s'assurer qu'aucun autre système de l'U.S. Navy n'a été infiltré par des criminels. Après quelques recherches, les agents commencent à se demander si cette action n'est pas le résultat d'un conflit au sein d'une organisation de pirates informatique. L'équipe requiert une aide spécialisée. Hetty propose l'assistance d'une jeune informaticienne. Certaines jalousies s'en trouvent exacerbées, surtout lorsqu'Eric se rapproche de la jeune femme...