Trois enfants ont été témoins d'une fusillade entre le lieutenant Bates, ancien équipier de Deeks, et des policiers de Los Angeles. L'inspecteur Whiting demande à Deeks d'enquêter sur Bates, accusé d'avoir tué un policier et de faire partie d'un groupe d'agents corrompus. Mais Bates parvient à prendre Deeks en otage et l'entraîne dans sa cavale. Il échappe à la filature du NCIS et rejoint Simon Atwater, qui a créé un virus capable de tuer les plantes. Cependant, Bates ignore que son véhicule avait été équipé d'une puce, permettant de le suivre à distance...