Callen et Sam se retrouvent pris au piège à l'intérieur d'un sous-marin armé, que les terroristes ont l'intention d'utiliser pour frapper un porte-avion nucléaire américain, situé à San Diego. Hetty va à l'encontre des ordres de sa hiérarchie et omet sciemment de rendre des comptes à Washington. Elle veut prêter main forte à toute l'équipe qui tente de neutraliser les terroristes avant qu'ils ne passent à l'action, mais il leur faut également localiser le sous-marin pour sauver Callen et Sam avant que la Navy ne le détruise...