Sous l'autorité de Sarah Porter, la nouvelle secrétaire d'Etat à la Navy, Gibbs et son équipe poursuivent leur enquête sur la confrérie à l'origine des attentats et tentatives de meurtres sur les membres du NCIS. Ils découvrent que Tomas Mendez, membre d'une organisation anti-terroriste, pourrait bien être lui aussi en danger. Fornell est chargé de veiller à sa sécurité. De son côté, Tony s'envole pour Israël sur les traces de Ziva. Il collabore avec le Mossad pour retrouver sa partenaire, qui semble avoir volontairement disparu...