Aprèes les accusations portées contre le NCIS par Richard Parsons, l'inspecteur du département de la Défense, Gibbs assume ses responsabilités et se retire de ses fonctions, le temps d'assurer sa défense avec son avocat et ancien amiral responsable du JAG, maître Chegwidden. Il craint que le groupe ne soit tout simplement dissous. De son côté, le reste de l'équipe mène une contre-enquête sur les motivations de Parsons dans cette chasse aux sorcières contre Gibbs...