Jessica Knight a rejoint le camp de Pendleton, en Californie, comme instructrice en chef, ce qui met un terme à sa relation avec Jimmy Palmer. De son côté, McGee espère réussir le concours afin de devenir directeur adjoint du NCIS. Quant à Torres, il infiltre un cartel. Le NCIS doit par ailleurs débusquer une taupe qui sévit dans ses rangs et qu'il devient urgent d'identifier. Melina Kanakaredes ("Les Experts : Manhattan") et Donna Mills ("Côte Ouest") passent une tête dans cette saison dont le tournage a été impacté par les violents incendies californiens de janvier 2025.