Tony et Ziva, toujours sous le choc du meurtre de son père, s'envolent pour Berlin, à la poursuite d'Ilan Bodnar, l'assassin d'Eli David, et de l'épouse de Leon Vance. Pendant ce temps, la nouvelle directrice du Mossad, Orli Elbaz, se rend au NCIS et sollicite la collaboration de Gibbs et de son équipe pour identifier des éléments dissidents du Mossad, présents sur le sol américain et qui seraient responsables de la mort d'un officier israélien, tué en Virginie….