Après que Sam a découvert l'emplacement de la première Porte des étoiles en Antarctique, elle se retrouve confrontée à un problème : la deuxième porte, qui devrait se trouver en Egypte, a disparu après l'échec de la mission SG-1. L'équipe à nouveau reconstituée, le général Hammond et le docteur McKay l'envoient à bord du contrôleur temporel chercher Teal'c puis remonter à l'époque des pyramides pour modifier le passé. Durant la fuite de Teal'c pour échapper au joug d'Apophis, le faux dieu Goa'uld, Daniel est assassiné. Mais la troupe le retrouve en Egypte, où il fomente une rébellion jaffa contre Râ, décidé à emporter avec lui la Porte des étoiles en cas de fuite...