Jack, qui possède dans son esprit la connaissance des Anciens, indique au reste de SG-1 les coordonnées d'une planète qui doit permettre de localiser la cité Atlantis. Sur place, Jack active un fauteuil qui contrôle un hologramme de la galaxie. Il montre la Terre et la nomme Terra Atlantis. C'est sous les glaces antarctiques que se situe la Cité perdue. Pendant ce temps, Anubis a lancé une attaque massive contre la Terre. SG-1, de retour en catastrophe, parvient à découvrir la base cachée des Anciens et actionne, grâce à un générateur spécial, des armes de défenses. Une gigantesque bataille commence...